L'Accademia di Francia a Roma è fiera di far risalire la sua fondazione a Luigi XIV e a Colbert. Si tratterebbe di una delle poche istituzioni di cui la rivoluzione non ha cambiato la storia, ma questa lusinghiera opinione non è del tutto vera. L'Accademia di Francia che il direttore Joseph Benoît Suvée ha insediato a Villa Medici nel 1803 è molto diversa dall'Accademia che accolse il borsista Suvée a palazzo Mancini. La quasi totale scomparsa degli archivi antichi rivela proprio questa rottura storica. A Villa Medici non si trova alcun documento del XVII secolo, e ve ne sono molto pochi del XVIII; i saccheggi della fine del XVIII secolo li hanno distrutti o dispersi, così come è accaduto per gli archivi del convento reale di Trinità dei Monti. Si è in parte ovviato a queste perdite con i fondi conservati negli Archivi nazionali. In compenso gli archivi posteriori alla riapertura del 1803, ancora presenti a Villa Medici, sono ben conservati e compongono un insieme abbastanza limitato, dall'organizzazione semplice.
Gli archivi dell'Accademia di Francia consistono in un'unica serie di cartoni, ognuno dei quali contiene da 300 a 400 fogli; a questi bisogna aggiungere il registro d'iscrizione dei borsisti, aperto nel 1807 e ancora in uso. Altri registri contengono gli inventari di Villa Medici (mobilio, collezioni, biblioteca), a partire dalla fine del XIX secolo. Secondo il regolamento, dovrebbe esistere un "registro degli invii" ; la segreteria ne possiede uno, ma che inizia nel 1910. Infine, sono stati conservati dei quaderni di prestiti di opere al direttore e ai borsisti, di cui il più antico risale al 1834. Questa serie presenta tuttavia qualche lacuna.