Nel cambiare sede, l'Accademia di Francia a Roma modificò anche il suo statuto. Essendo ormai divenuta dipendente dall'Institut de France, il concorso d'ingresso, ossia il "Prix de Rome", venne quindi organizzato dall'Académie des Beaux Arts. Fu allora che i musicisti entrarono all'Accademia di Francia, con la creazione del "premio di composizione" nel 1803; gli incisori li raggiunsero quando furono istituito il premio biennale per l'incisione a bulino senza acquaforte su lastra metallica, nel 1804, e quello quadriennale per l'incisione su medaglie e su pietra fine, nel 1807. Entrambe le discipline furono introdotte per celebrare le vittorie di Napoleone.
Dal 1835 al 1841, Jean-Auguste-Dominique Ingres ricoprì il ruolo di direttore della Villa. Tradizionalmente i direttori sono scelti tra gli ex-borsisti, anche se questa regola ha conosciuto delle eccezioni, come nel caso di Carolus-Duran. Durante tutto il XIX secolo l'Accademia ha ospitato borsisti celebri come Victor Baltard, l'architetto di Les Halles a Parigi, Charles Garnier, che fece costruire a Parigi il teatro dell'Opera che porta il suo nome, compositori come Berlioz, Bizet, Gounod o Debussy, scultori come Carpeaux e David d'Angers. Fu all'inizio del XX secolo, con Lili Boulanger ("Grand Prix de Rome" in composizione musicale nel 1913) e Odette Pauvert ("Grand Prix de Rome" in pittura nel 1925), che le donne fecero il loro ingresso all'Accademia. In seguito, durante la Seconda Guerra Mondiale, la Villa venne requisita da Mussolini e l'Accademia fu trasferita a Nizza e poi a Fontainebleau.
Nel 1961 André Malraux nominò il pittore Balthus direttore della Villa: la volontà congiunta di queste due personalità permise una profonda riforma dell'Accademia. Balthus intraprese un importante restauro dell'edificio e organizzò delle manifestazioni per aprire la Villa ai romani, facendo ristrutturare, a questo scopo, nuove sale espositive. Questo nuovo approccio fu ratificato con un decreto del 1971. L'Accademia si emancipò allora dalla tutela dell'Académie des Beaux Arts e le sue normative furono profondamente modificate. La durata del soggiorno passò da quattro a due anni al massimo, e gli scrittori, i cineasti, i fotografi, gli scenografi, i restauratori di opere d'arte e gli storici dell'arte andarono ad ampliare la cerchia dei borsisti, il cui numero passò da 12 a 25.
L'Accademia di Francia a Roma partecipa a scambi culturali e artistici, organizza mostre, concerti, convegni e seminari su temi relativi alle arti, alle lettere e alla loro storia. Concepita dal decreto del 1971 come luogo ideale di incontri italo-francesi, Villa Medici riveste un ruolo decisivo nella vita culturale romana ed europea. Questi obiettivi sono stati il motore delle azioni culturali di Jean Leymarie (1977-1984), Jean-Marie Drot (1985-1994), Jean-Pierre Angremy (1994-1997), Bruno Racine (1997-2002), Richard Peduzzi (2002-2008), Frédéric Mitterrand (2008-2009) e dell'attuale direttore Éric de Chassey.
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