L'Académie de France à Rome est fière de faire remonter sa fondation à Louis XIV et Colbert ; elle serait l'une des très rares institutions dont la Révolution n'a pas brisé l'histoire. Cette opinion flatteuse n'est pas entièrement vraie. L'Académie de France que Joseph Benoît Suvée, directeur, installe à la Villa Médicis en 1803 est très différente de l'Académie qui avait accueilli le pensionnaire Suvée au palais Mancini. Cette coupure historique se marque précisément par la quasi disparition des archives anciennes. On ne trouve aucun document à la villa Médicis qui date du XVIIe siècle, et très peu du XVIIIe siècle ; les pillages de la fin du XVIIIe siècle les ont détruits ou dispersés, comme l'ont été les archives du couvent royal de la Trinité-des-Monts. Ces pertes sont en partie palliées par les fonds conservés aux Archives nationales. En revanche, les archives postérieures à la réouverture de 1803, encore présentes à la Villa Médicis, sont bien conservées. Elles forment un ensemble assez restreint à l'organisation simple.
Les archives de l'Académie de France consistent en une série unique de cartons ; chaque carton renferme de 300 à 400 folios. Il faut y ajouter le registre d'inscription des pensionnaires, ouvert en 1807 et toujours en usage. Quelques autres registres contiennent des inventaires de la Villa Médicis (mobilier, collections, bibliothèque), dès la fin du XIXe siècle. Aux termes du règlement, il devrait exister un registre des envois ; le secrétariat en possède un, mais qui débute en 1910. Enfin, sont conservés des cahiers de prêts d'ouvrages au directeur et aux pensionnaires, dont le plus ancien remonte à 1834. Cette série comporte quelques lacunes.
