C'est selon toute apparence sous le directorat d'Ingres que l'on modifie légèrement le tracé des parterres face à la Villa et que l'on plante les grands pins parasols qui font aujourd'hui la particularité du site. Le peintre Balthus, directeur de l'Académie de France entre 1960 et 1977, soucieux de redonner aux lieux leur splendeur d'autrefois, remanie à nouveau les parterres, face à la Villa, dépouillant ainsi le jardin des modifications faites au XIXe siècle, à l'exception des pins plantés par Ingres.
Face à la dégradation phytosanitaire des grands pins et des haies, il a été décidé, depuis l'année 2000, de restaurer les jardins de l'Académie afin de leur rendre leur aspect d'origine. La restauration se fait sous la responsabilité de l'architecte Giorgio Galletti, spécialiste des jardins médicéens.
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