Une restauration de l'ensemble de l'édifice de Villa Médicis a été nécessaire pour qu'il retrouve sa splendeur de Palais Renaissance de la fin du XVIe siècle. Les restaurations des années 2000 ont permis de retrouver la couleur blanc ivoire des façades de la Villa, en accord avec les marbres anciens des sculptures antiques, dont témoignent notamment les tableaux de Gaspar Van Wittel. Actuellement, la réorganisation des jardins poursuit cette recherche de restauration du lieu plaisant de la Renaissance. À l'occasion des différents travaux, les fouilles archéologiques conduites par l'École Française de Rome ont permis de faire des découvertes importantes concernant l'antiquité. Ainsi, il a été possible d'explorer pour la première fois de façon exhaustive les vestiges du palais de l'Empereur romain Honorius (début du Ve siècle ap. J.C.) enfouis sous le piazzale devant la loggia.
En 1991, le Ministère de la Culture et la Direction du Patrimoine décident d'engager une vaste campagne de restauration de la Villa Médicis ainsi que des autres bâtiments sur le site. Les travaux commencent par la restauration de la Galerie du Bosco, prolongement de l'aile de la bibliothèque, dont la façade était rongée par l'humidité. Dans le même temps, des échafaudages sont montés sur la façade intérieure de la Villa, afin d'effectuer les premières études et analyses qui permettent de mieux connaître l'état de conservation de cette façade unique, souvent citée comme l'un des plus beaux exemples de présentation d'une collection d'antiques de la Renaissance. C'est pour cette raison que le Comité Scientifique décide de commencer par la Galerie du Bosco, œuvre mineure dont on espérait qu'elle permettrait de mieux comprendre, dans un deuxième temps, les problématiques rencontrées sur la façade de la Villa. En réalité cette première phase fut de peu d‘utilité, car l'humidité et les affres du temps n'ont laissé aucune trace d'enduit d'origine sur la Galerie du Bosco. Après un assainissement de la façade selon une technique très utilisée en Italie, qui consiste à couper le mur à sa base pour y insérer une plaque de PVC, évitant ainsi les remontées capillaires, les enduits sont entièrement refaits dans les teintes du XVIème siècle et les bas reliefs installés par Ingres « à la manière » de Ferdinand des Médicis sont restaurés.
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