La Loggia
La façade de la Villa qui donne sur le jardin a inspiré de nombreuses œuvres au cours de son histoire, telles que les gravures de Piranèse, les vues portuaires imaginaires de Claude Lorrain au XVIIe siècle ou le tableau de Norblin et Dupré représentant la Fête organisée par Chateaubriand pour l'Archiduchesse Hélène de Russie (1829), ou encore les photographies des frères Alinari. Les belles colonnes de cipolin et de granit égyptien encadrent la marqueterie de marbre polychrome placée devant la fontaine de Mercure, copie d'une sculpture de Giambologna à présent au Musée du Bargello à Florence. Les deux lions évoquent à la fois Florence, Léon X et Ferdinand de Médicis, lui-même né sous le signe du Lion. Les sphères sous les pattes des fauves, sur les balustrades et sculptées dans le marbre sur la façade, renvoient aux armes des Médicis.
Le Grand Salon
Le Grand Salon a été conçu au temps du cardinal de Médicis pour être un lieu de fêtes et des réceptions ; ses fenêtres offrent un panorama incomparable sur la Ville Éternelle. Pendant tout le XIXe siècle et jusqu'au directorat de Balthus, il accueille la bibliothèque de l'Académie. Balthus, souhaitant rendre à cette pièce sa couleur de l'époque de la Renaissance, déménage la bibliothèque et décape les couches supérieures de peinture retrouvant ainsi le vert d'origine. La couleur, obtenue en grattant selon une méthode typique du peintre, n'est pas uniforme et cette peinture dite « à la Balthus » produit un effet de vibration. Le Grand Salon est par la suite décoré de tapisseries des Gobelins apportées en 1726 à Rome, au palais Mancini, siège de l'Académie de France à Rome au XVIIIe siècle, sous le directorat du peintre Nicolas Vleughels (1725-1737). Ces Tapisserie des Indes représentent des scènes de chasse et de combats d'animaux.
La Galerie Ferdinand de Médicis
La Galerie, qui jouxte la suite des Salons, est conçue pour recevoir les collections des antiques de Ferdinand de Médicis. De nombreux voyageurs venaient de toute l'Europe pour admirer ses collections. Entre 1587 et la fin du XVIIIe siècle, suite au départ de Ferdinand de Médicis, les prestigieuses collections partent à Florence. Au cours du XIXe siècle, une fois que la Villa devient siège de l'Académie de France à Rome, les pensionnaires exposent dans la Galerie des moulages reproduisant des antiques de collections romaines. Par la suite, sous le directorat de Balthus la Galerie Ferdinand de Médicis est divisée en trois parties, dont l'une accueille la bibliothèque et les deux autres des salons de réception.
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